微生物菌剂在作物生长过程有效预防真菌病害，可以促进植物中一些重要次生物质的合成，如木质素、异黄酮植物保护素和对病原体有害的醌类，因此，它能显著增强植物的抗病性。

       土壤环境的恢复与改善，可以改善土壤环境，增加土壤养分，促进土壤有益微生物的繁殖，抑制土壤有害真菌的生长，能促进土壤中细菌和放线菌的增殖，对真菌有很好的抑制作用，随着有机质的腐殖化，可以促进土壤中有效腐殖质的形成，双向调节土壤酸碱度，减少土壤盐渍化和酸化的危害。

       有效促进作物生长，各种有机酸可以显著增加土壤中游离钙和磷离子的含量，土壤施用能有效促进有机质的腐殖化，为作物提供持续的营养。

       施用于土壤时，其代谢产物中的有机酸能有效吸附和钝化土壤中的重金属离子，对镉、铅、铜和砷有很强的吸附和钝化能力，能有效降解土壤中的有机磷农药，降低作物中的农药残留。