提高化肥利用率，有效的微生物菌肥可以分解土壤中的有机物，腐殖酸是在有机物分解过程中形成的，土壤中的腐植酸和氮形成腐植酸铵，可以减少氮肥的流失，钾溶性和磷溶性细菌可将固化的化学钾肥和化学磷肥分解成有效钾和磷，提高其利用率，减少生产投入，减少资源浪费。

       改善土壤养分，可以促进土壤中不溶性养分的溶解和释放，提高土壤养分的供给能力，有效细菌分泌的胞外多糖是土壤团聚体结构的粘合剂，能增强土壤团聚体结构，疏松土壤，提高土壤渗透性和水土保持能力，增加土壤有机质，激活土壤中潜在的养分，改善土壤养分供应。